本所之任務在於配合我國高科技產業發展及傳統產業升級之需要，培養具E化製造、製造技術、製造系統、製造管理等知識之製造資訊與系統整合人才，並以執行產學合作計畫之方式，提昇產業競爭力之製造資訊與系統研究。

主要發展重點在於 (1)提升授課品質； (2)加強師資陣容，提高學生專業領域的深度和廣度；(3)充實教學研究設備，滿足師生教學研究所需；(4)修繕及改進教學和研究空間，提供優良學習環境。

主要發展重點在於(1)加強學術研究能力、提昇研究水準；(2)積極爭取產官學合作研究計畫，提昇師生研究能力及製造資訊與系統研究所之能見度；(3)配合南部科學工業園區等業界需求，提供製造技術支援及培育產業高級技術人才。

主要發展重點在於：(1)積極參與及主辦國際學術會議，加強國際交流，提昇國際地位；(2)爭取美、歐、日國際學術合作計畫及與國際一流電子資訊公司(Microsoft, Intel, Cisco, SUN, etc.)之國際產學合作計畫；(3)聘請國外學者專家到本所進行短期講學，獲取最先進的資訊科技新知和潮流；(4)實施英語授課，增加學生國際競爭力；(5)招收外籍學生至本所就讀，提昇本所國際知名度。

甲組：資機整合組 雲端製造資訊系統、機械智能化、智能工廠、工業物聯網。

乙組：製造系統與管理組 智慧製造(含E化製造)、製造管理、生產力分析、數據科學/資料探勘、供應鏈管理、精實管理4.0、虛擬量測、作業研究、生產規劃與排程、資料挖礦與大數據分析、萬用啟發式演算法、先進製程控制、決策分析。

丙組：資訊應用組 智慧製造(含E化製造)、工業4.1、智慧機械、知識工程與管理、智能商務、企業電子化、資料庫系統、行動資料管理、智能醫療、智慧防災、智慧網路。